En vue de l'obtention du

En vue de l’obtention du
DOCTORAT DE L’UNIVERSITÉ DE TOULOUSE
Délivré par l’Institut National Polytechnique de Toulouse
Discipline : Ecologie
Présentée et soutenue par LAËTITIA BUISSON
erLe 1 Octobre 2009
POISSONS DES RIVIERES FRANÇAISES ET CHANGEMENT CLIMATIQUE :
IMPACTS SUR LA DISTRIBUTION DES ESPECES ET INCERTITUDES DES
PROJECTIONS
COMPOSITION DU JURY
Gaël GRENOUILLET Maître de Conférences, Université Paul Sabatier, Toulouse Co-directeur de thèse
Bernard HUGUENY Directeur de Recherche, IRD, Paris Rapporteur
Donald JACKSON Associate Professor, University of Toronto, Canada Rapporteur
Puy LIM Professeur Emérite, ENSAT, Toulouse Directeur de thèse
David MOUILLOT Professeur, Université Montpellier 2, Montpellier Examinateur
Nuria ROURA-PASCUAL Centre Tecnològic Forestal de Catalunya, Espagne Examinatrice
Nirmala SEON-MASSIN Chargée de mission, ONEMA, Vincennes Examinatrice
Ecole doctorale : Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingénieries (SEVAB)
Unités de recherche : Laboratoire d’Ecologie Fonctionnelle (ECOLAB) & Laboratoire Evolution et
Diversité Biologique (EDB)
Directeurs de thèse : Puy LIM & Gaël GRENOUILLETA PikREMERCIEMENTS

On s’imagine que la partie « Remerciements » est la partie de la thèse la plus facile à rédiger. Pour
moi, il n’en est rien. Comment pourrais-je en effet remercier en seulement quelques mots les
personnes qui m’ont soutenue pendant ces trois années, tant leur aide et leur présence quotidienne
ont été précieuses à mes yeux ? J’aurais tant à leur dire… Mais la rédaction de ce manuscrit est
maintenant terminée, la soutenance orale approche à grands pas, et une thèse sans remerciements
serait peut-être mal perçue. Alors, il est temps pour moi d’inscrire ici le nom des personnes à qui je
voudrais simplement dire MERCI.

La première personne que je tiens à remercier est Gaël Grenouillet, mon directeur de thèse au
Laboratoire Evolution et Diversité Biologique. Merci Gaël de m’avoir fait confiance en me proposant
ce sujet de stage puis de thèse, et de m’avoir accompagnée quotidiennement dans cette belle
aventure. Mille mercis pour tes conseils avisés, ta patience, tes explications, ta disponibilité, tes
encouragements dans les périodes difficiles. La liste serait longue, alors, tout simplement merci…

Je remercie également Puy Lim, mon co-directeur de thèse au Laboratoire d’Ecologie Fonctionnelle,
qui m’a donné la possibilité de réaliser cette thèse et l’a encadrée de loin, puis de très loin
(géographiquement, j’entends).

Je tiens à remercier chaleureusement Donald Jackson et Bernard Hugueny pour avoir accepté le rôle
difficile de rapporteur de ce manuscrit. Mes remerciements s’adressent également à David Mouillot,
Nuria Roura-Pascual et Nirmala Seon-Massin qui ont accepté d’évaluer ce travail en étant membre du
jury.

Un grand merci à Sovan Lek qui a été le premier à me faire confiance en me proposant un stage dans
son équipe en 2006, dans le feu Laboratoire Dynamique de la Biodiversité. Vos exigences, vos
suggestions et vos conseils avisés ont permis le bon déroulement de cette thèse.

Cette thèse repose sur l’analyse de données collectées par les agents de l’Office National de l’Eau et des
Milieux Aquatiques. Sans leur travail, cette thèse aurait tout simplement été impossible. Je les
remercie donc pour le travail minutieux de terrain qu’ils réalisent chaque année, et pour les
connaissances qu’ils fournissent ainsi sur « l’état de santé » de nos milieux aquatiques. Un merci tout
particulier à Laurence Blanc et Romuald Berrebi pour la mise à disposition des données, ainsi qu’à
Nicolas Poulet pour son « éclaircissement » des missions de l’ONEMA.

Je tiens également à remercier Wilfried Thuiller pour notre collaboration, pour les données
climatiques qu’il a mises à ma disposition et pour nos (trop rares) heures de discussion qui m’ont
permis de ré-orienter mon travail et de bénéficier de ses conseils avisés.

Je remercie également l’ensemble des partenaires du programme européen Euro-limpacs qui ont
permis la réalisation de cette thèse et l’intégration de ses résultats dans un contexte plus global.

Merci à Nicolas Casajus, étudiant de Master 2 que j’ai co-encadré, pour son aide précieuse et sa
maîtrise de R qui ont permis une avancée très rapide d’une partie de cette thèse. Bon vent au pays
des caribous !

Un immense merci à Dominique Galy, Marie-Martine Bégué et Peggy Leroy pour leur gentillesse et leur
aide dans les « à-côté » de la thèse (notamment les formalités administratives et la gestion des
missions…). Je remercie également Roselyne Etienne sur laquelle je me suis beaucoup reposée dans la
partie « manips » de cette thèse.
Une pensée spéciale pour Muriel Gevrey, ma collègue-copine, toujours de bonne humeur… Que de
souvenirs avec toi : nos entraînements de natation à faire les otaries avec la planche sur la tête, nos
séances de montage de meubles Ikea, nos goûters Kinder ou Haribo et surtout, nos bavardages sans
fin… Tout cela va me manquer quand tu ne seras plus là. Et merci également pour ton aide et ton
soutien au labo.

Petite dédicace à Leslie, ma vieille connaissance de lycée ! Je n’aurais jamais cru te revoir un jour
quand j’ai quitté les bancs de la terminale… Et pourtant, tu es encore là maintenant, et tu m’auras
soutenue pendant toute ma thèse. Merci ma poulette !

Un grand merci à toute l’équipe « Poissons » : stagiaires, thésards, post-docs, permanents, gens de
passage, ceux que j’ai croisés, ceux qui sont encore là ou ceux qui le sont à moitié… Merci d’avoir
participé à ce que mon travail puisse se faire dans une ambiance sereine, détendue et sérieuse quand
il le fallait, ce qui a également contribué au bon déroulement de mes trois années de thèse. Mention
spéciale à Clem, Bobby, Gé et Simon (et une léchouille pour Gala, évidemment), Seb, Flamby, Fred, Lise,
Lionel, Karlito et Pierrick B (eh, un ancien Chizéen !). Et désolée pour ceux que j’oublie, mais trois
années, c’est long pour mon cerveau de poisson rouge…

Sur un plan plus personnel, il y a aussi des gens que je tiens à remercier pour leur soutien et leurs
encouragements tout au long de ces trois années, même s’ils ont souvent suivi ce que je faisais de
loin, voire de très loin. Ma famille tout d’abord, et en particulier ma maman qui m’a donné les
moyens d’arriver jusqu’ici et a essayé de suivre ce que je faisais sans forcément bien comprendre.
Merci aussi à ma p’tite sœur qui a essayé de me soutenir autant que je pouvais la soutenir dans ces
projets d’archi. Mille mercis à mes amies, en particulier Marion, Camille, Fabienne, Christelle et Lucile.
Heureusement que vous avez été là pour me soutenir dans mes moments de doute… Et désolée de
mes absences et de mes visite-éclairs, je vais essayer de m’améliorer.

Merci à Pik qui a été auprès de moi pendant toute ma thèse, et qui malheureusement m’a quittée il y
a quelques semaines. Ton mutisme et ton indifférence ne m’ont certes pas beaucoup aidée, mais tu
resteras à jamais comme celui qui a été, durant ces trois années, mon (fidèle) compagnon… au fond
de ton aquarium !

Et puis, j’ai envie de remercier un petit coin de paradis que j’ai découvert durant ma thèse : les
Pyrénées… Belles, grandes, majestueuses, sauvages, elles m’ont permis de souffler et de me
ressourcer afin de revenir à ma thèse avec le cerveau libéré et les idées plus claires.

Enfin, comme je le disais au début de ces remerciements, les mots ne suffisent pas pour te remercier,
Pierrick, d’avoir été à mes côtés (enfin, à 200 km…) pendant toute cette thèse, dans les moments de
joie comme de déception. Tu m’apportes tant chaque jour, bien au delà de cette thèse. Alors, tout
simplement, merci…

AVANT-PROPOS
Ce manuscrit est structuré en deux parties. La première partie est une synthèse des
travaux de recherche menés durant les trois années de ma thèse qui s’est focalisée sur
l’évaluation des impacts potentiels du changement climatique sur les assemblages de poissons
des rivières françaises. Après une présentation générale du contexte et un état de l’art, cette
synthèse aborde les don