présentée pour obtenir le titre de Docteur de l'Université Louis Pasteur

Université Louis Pasteur – Strasbourg I
Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire
THESE
présentée pour obtenir le titre de
Docteur de l’Université Louis Pasteur
par
Philippe KIEFFER-KWON
Titre
Etudes fonctionnelles de TBP et de
son paralogue TRF2 in vivo.
Soutenue publiquement le 29 Septembre 2005
Membres du jury
Rapporteur Externe : Pr. Martin TEICHMANN Dr. Pierre JALINOT
Rapporteur Interne : Dr. Régine LOSSON
Examinateur : Pr. Philippe CARBON
Directeur de Thèse : Dr. Irwin DAVIDSONUniversité Louis Pasteur – Strasbourg I
Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire
THESE
présentée pour obtenir le titre de
Docteur de l’Université Louis Pasteur
par
Philippe KIEFFER-KWON
Titre
Etudes fonctionnelles de TBP et de
son paralogue TRF2 in vivo.
Soutenue publiquement le 29 Septembre 2005
Membres du jury
Rapporteur Externe : Pr. Martin TEICHMANN Dr. Pierre JALINOT
Rapporteur Interne : Dr. Régine LOSSON
Examinateur : Pr. Philippe CARBON
Directeur de Thèse : Dr. Irwin DAVIDSONA Mes Grands Parents Paternels
Marie et Louis KIEFFER
A Mes Grands Parents Maternels
Alice et Fernand ANTENAT
A Ma Marraine
Elisa BLANCHE
meA M Irène DURING
A Mon Epouse
KIEFFER-
Des personnes merveilleuses qui m’ont permis de me
construire, de m’éveiller aux arts et aux sciences. Je leur dois
tout. Sans elles je ne serais pas arrivé jusqu’en thèse, je leur
en serai toujours reconnaissant.REMERCIEMENTS
Je remercie le Dr. Irwin DAVIDSON pour m’avoir accueilli dans son équipe. J’ai
apprécié la qualité de son encadrement. Entre mes débuts, où Irwin m’enseignait
comment réaliser une extraction ArOH/HCCl3 ou un gene clean et la fin de ma thèse où
je gérais de manière quasi autonome mes projets de recherche, il m’a permis de gagner en
indépendance et en discernement sans jamais freiner mes initiatives (même quand il les
savait mauvaises, aux pire des cas j’avais droit à « fais le si ça t’amuse ! »). J’ai été ainsi
amené à maîtriser une gamme de techniques bien plus large que ce qui est présenté dans
ce manuscrit, de la biologie moléculaire classique à la microscopie de pointe en passant
par la biologie cellulaire. Grâce à Irwin, les cinq années passées à l’IGBMC ont été une
période extrêmement riche en enseignement. Merci beaucoup Irwin.
Je remercie les membres du jury, le Professeur Philippe CARBON, le Professeur
Martin TEICHMAINN, le Docteur Pierre JALINOT et le Docteur Régine LOSSON
d’avoir accepté d’évaluer mon travail.
Je remercie également tous les membres de l’équipe qui m’ont accompagné au
cours de ma thèse. Anas F. dont sa générosité n’a d’égal que sa sagesse. Les petits
derniers Ataaillah B & Emilie C auxquels je souhaite bonne chance pour la suite. La thé-
ophile Dominique K. qui m’a épaulé sur la fin de thèse, et pour qui je forme des vœux de
lox/- réussite dans la continuation du projet TBP . Igor M. qui est à l’origine de tout le
travail présenté ici. Isabelle M., pour son soutien, Jean-Christophe P. toujours agréable, la
pâtissière Gabrielle M, Martin K. comique avant tout. La Mamie Bella Raffaela C., pour
tous les moments « culturels » qu’on a partagés ensemble. Sylvie T., compagnon fidèle
de St Hélène. Virginie H., enfin, pour son dévouement.
Merci à Christophe R. qui m’a formé tout au long de mon année de DEA et enseigné les
ficelles du métier.
Je tiens aussi à remercier tous les membres des services communs de l’institut :
Betty H. et ses acolytes, fournisseurs de cellules et de milieu par hectolitres, également
ambulanciers au petit matin… Claudine E. & Jochen B., bonne humeur garantie à tout
FACS. Les serviables et extrêmement compétents microscopistes Didier H. Jean-Luc V.
et Marcel B. qui ont éclairé mon travail. Mustapha O-A, toujours prêt a rendre service
avec ses anticorps zélés. Jean-Marie G. dont les doigts de fée ont généré les pBabe de
nouvelle génération. L’ensemble du personnel du service de séquençage et du feu service
de synthèse d’oligonucléotides.
Je remercie nos collaborateurs, notamment le Dr. Marc TIMMERS et les membres de son
équipe, particulièrement Pim P. avec qui travailler a été très efficace et agréable. Merci au
Dr. Patrick SCHULTZ de m’avoir fourni en toute confiance et avec enthousiasme ses
résultats de microscopie électronique.
Ma profonde reconnaissance à Benoît C., Laure J. et Pierre C. pour l’attention et les
corrections qu’ils ont apportées à ce manuscrit. Sa qualité en a été amplement améliorée.
En ma qualité de co-président de la C.W.C. je remercie tous ses adhérents, qui à un
moment ou un autre, lorsque ma vie ne tenait qu’à un fil (de 10,3mm de diamètre), ont su
m’assurer des voies tranquilles. Merci à Maté D., Pierre C., Pierre H, Laurent W., Hélène
D, Romain L., et Nicolas C.Abréviations & Acronymes
A
ADN : Acide Désoxyribonucléique
AdML : Adenovirus Major Late
ALF : TFIIA Like Factor
APL : Acute Promyelocytic Leukemia
B
Bdf1 : BromoDomain Factor 1
β2m : β2-microglobine
BRE : TFIIB Responsive Element
Brf : TFIIB Related Factor
C
CAK : Cyclin-Activating Kinase complex
CB : Cajal Body
CCD : Charged Cluster Domain
CCTD : Conserved C-terminal Domain
CDK : Cyclin-Dependent Kinase
CFSE :CarboxyFluorescein Succinimidyl Ester
CK2 : Caséine Kinase 2
CMH-I : Complexe Majeur Histocompatibilité de classe I
CPE : Core Promoter Element
CRS : Cleavage Recognition Site
CTD : Carboxy-Terminal Domain
CWC : Climbing Word Company
D
DRIP : vitamin-D-Receptor Interacting Protein
DSE : Distal Sequence Element
DFC : Dense Fibrillar Components
DPE : Downstream Promoter Element
DREF : DNA replication-related element binding factor
E
EBNA2 : Epstein Barr Nuclear Antigent 2
EGF : Epidermal growth factor
ERC : Extrachromosomal rDNA Circle
ERK : Extracellulaire signal-Regulated Kinase
ETS : External Transcribed Spacer
F
FACS : Fluorescence Activated Cell Sorter
FC : Fibrillar Center
Fcp1 : TFIIF interacting CTD Phosphatase 1G
GAG : Group Antigens
gfa : glial fibrillary acidic protein
GC : Granular Component
Gems :Gemini of Cajal bodies
GTF : General Transcription Factor
H
HAT : Histone Acétyl Transférase
HBX : Hepatitis virus B X protein
HNF3 : Hepatocyte Nuclear transcription Factor 3
HMG :High mobility group
HXT : High-affinity heXose-Transporter
I
ICR : Internal Control Region
IFN- β : l’interféron β
IGC : Interchromatin Granue Cluster
ISRE : IFN Stimulatory Response Element
Inr : élément initiateur des promoteur de classe II
J
JNKs : c-Jun N-terminal Kinases
K
K : constante de dissociationD
L
LTR : Long Terminal Repeat
N
NC2 : Negative Cofactor 2
NER : Nucleotide Excision Repair
NF-Y :Nuclear Factor-Y
NOR : Nucleolar Organizer Region
M
MAPK: Mitogen-Activated Protein Kinase
MED1 : Multiple start site downstream element
MMuLV : Moloney Murine Leukaemia Virus
Mot1p : Modifier Of Transcription 1 protein
MudPIT : Multidimensional Protein Identification Technology
P
PC2 : Positive Cofactor-2
PIC : PreInitiation ComplexPML-NBs : ProMyelocytic Leukaemia-Nuclear Bodies
PNB : PreNucleolar Body
Pol : ARN polymérase ADN dépendant
PSE : Proximal Sequence Element
PTEN : phosphatase and tensin homolog
R
RARE : Retinoic Acid Responsive Element
Rbp : Retinoblastoma protein
ROS : Reactive oxygen species
RPA : Replicated protein A
S
SAGA : SPT ADA GCN5 Acetyltransferase
SAPK : Stress-Acivated Protein Kinase
SL1 : SeLectivity factor 1
SL-RNA : Spliced Leander RNA
SNAP : small nuclear RNA activating protein complexc
snoRNA : small nucleolar RiboNucleic Acid
snoRNP : small nuclear RiboNucleoprotein Particle
snRNA : small nuclear RiboNucleique Acid
snRNP :small nuclearrotein Particle
spm3 : altered SPecificity Mutant 3
SRE : Serum Responsive Element
STAGA : SPT3-TAF9-GCN5 Acetylase
T
TAF : TBP Associated Factor
TBP : TATA Binding Protein
TIF-IB : Transcription Initiation Factor-IB
TFTC : TBP-Free-TAF s-ComplexII
TRAP : Thyroid-hormone Receptor Associated Protein
TRF : TBP Related Factor
U
UAS :Upstream Activator Sequences
UBAC :ubiquitin activating and conjugating
UBF : Upstream Binding Factor
UCE : U Control Element `
Y
y : yeast, Saccharomyces cerevisiaeTABLE des MATIERES