Synthèse et étude physico chimique de nouveaux tensioactifs utilisables pour la cristallisation 2D sur film lipidique et l'étude des protéines membranaires

Académie d’Aix-Marseille
Université d’Avignon et des Pays de Vaucluse



THESE

présentée à l’Université d’Avignon et des Pays du Vaucluse
pour obtenir le diplôme de DOCTORAT



SPECIALITE : CHIMIE ORGANIQUE

Ecole Doctorale 250 « Sciences chimiques »
Laboratoire de Chimie Bio-Organique et des Systèmes Moléculaires Vectoriels (EA 932)


Synthèse et étude physico-chimique de nouveaux tensioactifs
utilisables pour la cristallisation 2D sur film lipidique et l’étude
des protéines membranaires.

par

DAUVERGNE Julien


soutenue le 19 mai 2010 devant le jury composé de :



Chantal LARPENT Professeur, Université de Versailles, ECHO Rapporteur

Jean MARTINEZ Directeur de recherche CNRS, Université Rapporteur
de Montpellier 2, IBMM

Françoise BONNETE Chargée de recherche CNRS, CINAM Examinateur
Université de la Méditérrannée

Jean-Jacques BENATTAR Ingénieur CEA Saclay,DSM-DRECAM Examinateur

Ange POLIDORI Professeur, Université d’Avignon Co-Directeur de Thèse
et des Pays du Vaucluse

Bernard PUCCI Professeur, Université d’Avignon Directeur de Thèse
et des Pays du Vaucluse












































A mes parents,

à Olivia d’être à mes côtés, pour son amour et son
soutien de tous les jours,

REMERCIEMENTS



Ce travail a été réalisé au laboratoire de Chimie Bio-Organique et des Systèmes
moléculaires vectoriels de l’Université d’Avignon et des Pays de Vaucluse dirigé par le
Professeur Bernard PUCCI.

Tout d’abord, je tiens à remercier très sincèrement les membres du jury :
Madame Chantal LARPENT, Professeur à l’université de Versailles, Monsieur Jean
MARTINEZ, Directeur de recherche CNRS de l’IBMM à l’université de Montpellier 2,
Françoise BONNETE, Chargée de recherche au CINAM-CNRS à l’université de la
Méditérrannée, Jean-Jacques Benattar, ingénieur au CEA Saclay de m’avoir fait l’honneur de
juger mon travail.

Je tiens à exprimer ma plus profonde gratitude à Monsieur le professeur Bernard
PUCCI de m’avoir donné l’opportunité de faire cette thèse dans son laboratoire et d’y avoir
acquis une formation pluridisciplinaire solide sur ce sujet passionnant dédié à l’étude des
protéines membranaires. Je le remercie également de m’avoir fait partager sa longue
expérience dans ce domaine et son savoir scientifique. Je lui suis reconnaissant aussi pour sa
disponibilité et ses précieux conseils durant mes trois années de thèse.

Je tiens à remercier Monsieur le professeur Ange POLIDORI de m’avoir encadré
durant ces trois années de thèse. Je le remercie particulièrement pour toute l’étendue de son
savoir qu’il a su me transmettre durant cette période ainsi que d’avoir initié un nouveau projet
durant ma thèse. Je lui suis reconnaissant de son soutien et de sa présence dans les moments
difficiles. Je le remercie également pour son investissement et ses précieux conseils lors de la
rédaction de ce manuscrit.

Je souhaite également remercier Catherine Vénien-Bryan du laboratoire de
Biophysique Moléculaire à l’Université d’Oxford pour sa collaboration et l’intérêt qu’elle a
porté à ce travail pour les essais de cristallisation 2D et les analyses par microscopie
éléctronique.


Je tiens à remercier également :
Madame Christine CONTINO-PEPIN, pour sa gentillesse et son attention touchante
qu’elle m’a faite lorsque je me suis blessé au doigt durant ma première année.
Monsieur Grégory DURAND, pour son écoute et ses encouragements dans les
moments difficiles mais surtout pour sa bonne humeur et les discussions agréables que j’ai pu
partager avec lui.
Madame Anne-Sylvie FABIANO-TIXIER, pour son aide et ses conseils sur les
appareils de la salle analytique, sa gentillesse, sans oublier évidemment ses bons gâteaux.
Monsieur Frédéric LEGRAND, un post-doctorant de passage devenu un pote, pour
son amitié, sa sympathie et ses encouragements, sans qui ce manuscrit n’existerait peut être
pas.
Mademoiselle Audrey PARAT, une voisine de paillasse agréable et délirante, pour sa
joie de vivre, ses conseils et son amitié.
Monsieur Simon RAYNAL, un technicien fort sympathique (quoiqu’un peu raleur!),
pour son ouverture d’esprit et les matchs de tennis joués ensemble.
Monsieur Shivaji SHARMA, un grand homme très attachant, pour sa gentillesse et sa
disponibilité mais aussi pour m’avoir fait progresser mon anglais.
Madame Carole MATHE et Monsieur Guillaume CUOCO, les chimistes de l’équipe
de l’art, pour leur sympathie et leur gentillesse.
Fanny CHOTEAU et Cindy PATINOTE, les pipelettes du labo, pour les moments
sympas partagés avec elles.
Enfin, je remercie l’ensemble du personnel du LCBOSMV (anciens et présents) et
toutes les personnes que j’ai pu oublier pour les bons moments passés avec eux.
Bien sur, je n’oublie pas ma famille, mon frère et mes parents, de leur soutien mais
aussi Olivia d’être toujours là et de m’avoir supporté!








ABREVATIONS UTILISEES



PGCR : Protéine G Couplé à un Récepteur
CMC : Concentration Micellaire Critique
PEG : PolyEthylène Glycol
CCS : Concentration Critique de Solubilisation
SDS : Sodium DodécylSulfate
OG : OctylGlucoside
DDM : DoDécylMaltoside
RMN : Résonnance Magnétique Nucléaire
THAM : TrisHydroxyméthyl AminoMéthane
CHAPS : 3-[(3-CHolAmidopropyl)dimethylammonio]-1-PropaneSulfonate
CHAPSO : 3-[(3-CHolAmidopropyl)dimethylammonio]-2-hydrOxy-1-PropaneSulfonate
MET : Microscopie Electronique à Transmission
Cryo-MET : CryoMicroscopie Electronique à Transmission
DNP : 2,4-DiNitroPhényle
PE : PhosphatidylEthanolamine
PC : PhosphatidylCholine
ARN : Acide RiboNucléique
ADN : Acide DésoxyriboNucléique
ATP : Adénosine TriPhosphate
IMAC : Chromatographie d’Immobilisation par Affinité Métallique
NTA : acide NitriloTriAcétique
EDTA : acide Ethylène Diamine Tétra Acétique
THF : TétraHydroFurane
TBAI : Tetra-n-ButylAmmonium Iodide
CDI : CarboDiImidazole
Glu : acide Glutamique
Lys : Lysine
Z ou Cbz : Carbobenzyloxy
Ts : Tosyl
TEA : TriEthylAmine
TBAB : Tetra-n-ButylAmmonium Bromide
TA : Température Ambiante
AIBN : 2,2’-AzodIisoButyroNitrile
AIVN : 2,2’-Azobis-(2,4-dIméthyl)-ValéroNitrile
Nu : Nucléophile
DMF : DiMéthylFormamide
CCM : Chromatographie sur Couche Mince
DCC : N,N'-DicyClohexyl-Carbodiimide
HOBt : 1-HydrOxy-Benzotriazole
DIEA : N,N-DiIsopropylEthylAmine
Boc : tert-Butyloxycarbonyl
Bn : Benzyl
TFA : acide TriFluoroAcétique
DABCO : 1,4-DiAzaBiCyclo[2,2,2]Octane
DBU : 1,8-DiazaBicyclo-[5.4.0]-Undéc-7-ène
DMAP : N,N-DiMéthylAminoPyridine
ppm : partie par million
TRIS : Tris(hydroxyméthyl)aminométhane
COSY : COrrelated SpectroscopY
DEPT : Distortionless Enhancement by Polarization Transfer
DMSO : DiMéthylSulfOxide
HMQC : Heteronuclear Multiple Quantum Coherence
ESI : Ionisation par ElectroSpray
HRMS : Spectrométrie de Masse Haute Résolution
AAS : Spéctoscopie d’Absorption Atomique
SUR : Sulphonylurea Receptor
TCEP : TriChloroEthanol-1-Phosphate
DOPC : DiOleoyl-sn-glycero-3-PhosphoCholine
HEB : HexaEthylBenzène
SE : Substitution Electrophile Aromatique Ar
SN : Substitution Nucléophile de type 2 2
SN : Substitution Nucléophile Aromatique Ar
AL : Acide de Lewis
APTS : Acide Para-ToluèneSulfonique
NMP : N-Méthyl-2-Pyrrolidinone
HMPT : HexaMéthylPhosphoramide
DMI : 1,3-DiMéthyl-2-Imidazolidinone
HMPA : HéxaMéthylPhosphorotriAmine
Tf : Triflate
Ac : Acétyl
dppe : 1,2- bis-(diphénylphosphino)-éthane
dppp : 1,3-bis-(diphénylphosphino)-propane
dppf : 1,1’-bis-(dipheny1phosphino)-ferrocène
TBDMS : tert-ButylDiMéthylSilyl
TMS : TriMéthylSilyl
MM : Masse Molaire
R : Rapport frontal f
T : Tempéreture d’ébulli