La gestion de la recherche publique en sciences du vivant : rapport public thématique

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Les décisions du Comité interministériel de la recherche scientifique et technologique (CIRST) du 1er Juin 1999 ont fait des sciences du vivant la priorité de la politique nationale de recherche, prévoyant « une augmentation significative des moyens financiers et humains dans ce secteur de recherche ». La Cour des comptes s'interroge sur la façon dont les différents leviers de l'action publique ont été utilisés en faveur de cette priorité donnée au secteur du vivant en 1999. Cinq sujets ont été retenus : la stratégie et le pilotage de la recherche ; les différentes structures de recherche ; l'évolution des financements ; le rôle des jeunes chercheurs ; la question de la valorisation de la recherche.
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Publié le

01 mars 2007

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30

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Français

 
  Rapport public thématique De la Cour des comptes
 « La gestion de la recherche publique en sciences du vivant »    
 mars 2007  
 
TABLE DES MATIÈRES
I
Pages
Délibér酅………….…………………………………. III   Introduction générale.…………………………………. 1 Chapitre I – Une priorité nationale de la politique de recherche sans véritable pilotage ………..…….. 7 I - Une priorité insuffisamment soutenue dans la durée.. 9 II - Une capacité de pilotage de l’Etat en question…… … 13 III - Une capacité d’orientation et de pilotage accrue  des organismes de recherche……………..………… 18 Chapitre II – Des structures de recherche multiples sans coordination d’ensemble…………… 27 I - La multiplicité des organismes……………………… 28 II - L’émiettement des structures de recherche et la question de la mixit酅……………………… 32 III- La multiplication des dispositifs de coopération et le problème de la coordination..…………………. 36 Chapitre III -Des financements divers et fluctuants sans horizon pluriannuel…………..……. 41 I - Le rôle majeur des financements publics…..………. 42 II - Des financements de l’Etat principalement consacrés au fonctionnement des établissements…… III- L’absence d’engagements pluriannuels de ressources…………………………………………… 49 IV - Une capacité de financement inégale des établissements………………………………….. 53 V - Les financements extérieurs sur projets……………. 55 VI - La mise en oeuvre de la LOLF…………………….. 59
43
II
 
 
COUR DES COMPTES
Pages
Chapitre IV - Les jeunes chercheurs : vers une diversification des parcours………….... 63 I - La déficience des outils de gestion prévisionnelle des emplois et des compétences……………………. 64 II - La constitution peu maîtrisée du vivier des jeunes chercheurs……………………………..…….. 65 III- La question des post-doctorants……………………. 68 IV - Une diversification souhaitable du niveau et des modalités du premier emploi de recherche…….. 72 Chapitre V - La valorisation de la recherche : un potentiel à promouvoir......................... 79 I - Un domaine en profonde évolution…………………. 81 II - Des instruments à mettre au service d’une stratégie d'ensemble………………………………… 91 Conclusion générale…………………………………………… 107 Annexe 1 -Les dépenses publiques de recherche en sciences du vivant : éléments de comparaison, Etats-Unis, France, Allemagne, Royaume-Uni……..…..113 Annexe 2 -Entreprises de biotechnologies : éléments de comparaison France –Allemagne – Royaume-Uni……..120   
Réponse du Ministre délégué à l’enseignement supérieur et à la recherche…………………………………………………….. 127 Réponse du Ministre délégué au budget et à la réforme de l’Etat, Porte- arole du Gouvernement ………………………. 138 Réponse du Directeur général du Centre national de la recherche scientifique (CNRS)………….………………………… 140   er Liste des rapports publiés par la Cour depuis le 1 janvier 2005… 145
  
DÉLIBÉRÉ
Délibéré
 
III
La Cour des comptes publie un rapport thématique intitulé «La gestion de la recherche publique en sciences du vivant». 
Conformément aux dispositions législatives et réglementaires du code des juridictions financières, la Cour des comptes, délibérant en chambre du conseil, a adopté le présent rapport public.
Ce texte a été arrêté au vu du projet qui avait été communiqué au préalable, en totalité ou par extraits, aux administrations et organismes concernés, et après avoir tenu compte, quand il y avait lieu, des réponses fournies par ceux-ci. En application des dispositions précitées, ces réponses sont publiées ; elles engagent la seule responsabilité de leurs auteurs.
Étaient présents : M. Séguin, premier président, MM. Fragonard, Pichon, Picq, Sallois, Babusiaux, Cretin, présidents de chambre, Mme Bazy Malaurie, président de chambre, rapporteur général, MM. Menasseyre, Gastinel, Delafosse, Cieutat, présidents de chambre maintenus en activité, MM. Chartier, Capdeboscq, Bady, Berthet, Mayaud, Hespel, Richard, Devaux, Bayle, Bouquet, Adhémar, Rémond, Gillette, Duret, Ganser, Martin (Xavier-Henri), Bertrand, Schneider, Hernandez, Thérond, Mmes Froment-Meurice, Ruellan, MM. Moreau, Ritz, Duchadeuil, Pannier, Moulin, Thélot, Alventosa, Lafaure, Andréani, Brochier, Mmes Saliou, Dayries, MM. Lévy, Deconfin, Phéline, Vialla, Tournier, Courtois, Mmes Darragon, Colomé, Seyvet, MM. Vachia, Vivet, Mme Moati, MM. Cossin, Ténier, Diricq, Couty, Sabbe, Pétel, Valdiguié, Mme Trupin, MM. Corbin, Rigaudiat, Ravier, Rabaté, Viveret, Mme Dos Reis, M. de Gaulle, conseillers maîtres, MM. Audouin, Pascal, Gleizes, Lemasson, Cultiaux, Schaefer, Zeller, d’Aboville, Limodin, Cadet, conseillers maîtres en service extraordinaire.
Était présent et a participé aux débats : M. Bénard, procureur général de la République, assisté de M. Bertucci, premier avocat général.
Était présente en qualité de rapporteur et n’a pas pris part aux délibérations : Mme Charolles, rapporteur.
M. de Combles de Nayves, secrétaire général, assurait le secrétariat de la chambre du conseil.
Fait à la Cour, le 19 mars 2007.
.
 
 
Les contrôles dont sont issus ce rapport ont été effectué par:
- MM. Gilles Andréani, Jacques Tournier, Jeanne Seyvet et Edouard Couty, conseillers maître, Olivier Mousson et Nicolas Groper, conseillers référendaires, Karim Mouttalib, auditeur, Jacques Choisnard, Brigitte Rémy et Valérie Charolles, rapporteurs ;
- Le texte du rapport public thématique a été établi par MM. Andréani, Couty, Tournier, conseillers maître, Mme Valérie Charolles et M. Jacques Choisnard, rapporteurs, ainsi que par Mme Anne Froment-Meurice, conseiller maître, contre-rapporteur et présidente de section et M. Jean Picq, président de la 3èmechambre ; Ce projet de rapport a été adopté par la 3èmechambre de la Cour le 30 novembre 2006 sous la présidence de M. Picq, président de chambre, en présence de M. Cieutat, président de chambre maintenu en activité, Mme Froment-Meurice, MM. Mayaud, Duchadeuil, Andréani, Tournier, Mmes Colomé et Seyvet, MM. Couty, Sabbe, Petel, conseillers maîtres, MM. Pascal, conseiller maître en service extraordinaire.
Ce projet a ensuite été arrêté par le Comité du rapport public et des programmes du 13 décembre 2006 présidé par M. Séguin, premier président avant d’être communiqué aux administrations et organismes concernés.   
Introduction générale
Les sciences du vivant sont le premier secteur de la recherche publique française en termes de priorité et de ressources. Le Comité interministériel de la recherche scientifique et technique (CIRST) du 1erJuin 1999 a retenu les sciences du vivant comme première priorité de l’effort national de recherche et s’est engagé à accroître les ressources qui lui étaient consacrées. Il l’a fait dans des termes particulièrement nets: « les sciences du vivant sont actuellement dans une phase de transformation dont la rapidité, l’ampleur et les conséquences potentielles n’ont peut-être pas d’équivalent dans l’histoire des sciences. Cette révolution est en passe de bouleverser notre compréhension du vivant (…) La France connaît, dans ce contexte, des atouts réels mais aussi des faiblesses. En effet, si notre recherche bénéficie d’un certain rayonnement international grâce aux travaux de scientifiques de premier plan, elle souffre d’un manque chronique de moyens dans ce secteur. Ainsi, l’effort consenti par habitant dans les sciences du vivant est, pour notre pays, trois fois moindre qu’aux Etats-Unis alors qu’il est par exemple d’un niveau comparable pour l’espace. Le gouvernement entend donner, pour la première fois, une véritable priorité aux sciences du vivant. Celle-ci doit se traduire par une augmentation significative des moyens financiers et humains dans ce secteur. » La priorité politique ainsi accordée à ce domaine a été, depuis, réaffirmée de façon répétée par les pouvoirs publics. Les sciences du vivant ont représenté en 2005 2,4 Md€, soit 25,7 % du budget civil de recherche et de développement technologique (BCRD). Elles rassemblent, dans plusieurs centaines de laboratoires publics, plus de 12 000 enseignants-chercheurs et chercheurs Parallèlement, l’importance de ce secteur a acquis un caractère d’évidence pour l’opinion publique, de plus en plus sensibilisée aux impacts scientifiques, industriels et sociaux des révolutions qui s’opèrent actuellement dans le domaine de la compréhension du vivant et des biotechnologies.
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COUR DES COMPTES
Les sciences du vivant sont en effet, depuis le milieu des années 1990, marquées par plusieurs éléments de contexte :
 l’accélération du progrès des connaissances, en particulier celles résultant du séquençage à grande échelle de génomes complets, dont le génome humain, qui ouvre la perspective d’une compréhension de la structure du vivant ;
 la révolution intervenue dans les technologies d’exploration des organismes biologiques, entraînant le recours généralisé à des matériels de hautes performances au cycle de renouvellement accéléré ;
 un changement d’échelle du volume des informations ainsi obtenues, et le développement de la bio-informatique ;
 l’accroissement de la demande sociale adressée à la recherche, parfois dans l’urgence, en réponse à des défis dans le domaine de la santé publique tels que le SIDA, les maladies à prions, etc. ;
 l’ampleur des enjeux économiques liés aux performances de la recherche, avec l’explosion des industries biotechnologiques.
L’ensemble de ces évolutions a fait des sciences du vivant un secteur dont l’importance stratégique pour l’avenir de notre pays dépasse sans doute son poids intrinsèque dans l’effort public de recherche. C’est en tout cas l’analyse faite par la plupart des autres grands pays scientifiques, qui ont, à un degré ou à un autre, désigné ce secteur comme prioritaire, et ont choisi de lui consacrer un effort financier marqué par rapport aux autres domaines de la recherche scientifique. Ces jugements convergents, l’accroissement des crédits publics affectés à la recherche en sciences du vivant qui en est résulté, en particulier aux Etats-Unis, où ils ont doublé entre 1998 et 2005, ont contribué à placer ce secteur sous le double signe d’une effervescence scientifique et d’une concurrence internationale accrues.
Si la France a jugé elle aussi, à la fin des années 1990, qu’une priorité stratégique devait s’attacher aux sciences de la vie, elle l’a fait dans un contexte budgétaire qui l’a contrainte à traduire cette priorité de façon plus ciblée et plus sélective que d’autres pays. Cette circonstance, qui prévaut encore aujourd’hui, rend d’autant plus cruciale la capacité de pilotage du système public de recherche, thème que la Cour a privilégié à l’occasion d’un nouveau cycle de travaux sur la recherche publique en sciences du vivant conduit en 2005-2006.
LA GESTION DE LA RECHERCHE PUBLIQUE EN SCIENCES DU VIVANT 
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La Cour a fait porter ses investigations sur le ministère de la recherche et sur les principaux organismes de recherche en sciences du vivant placés sous sa tutelle : direction des sciences du vivant1du Centre national de la recherche scientifique (CNRS-SV), Institut national de la santé et de la recherche médicale (INSERM), Agence nationale de la recherche sur le SIDA (ANRS), direction des sciences du vivant du Commissariat à l’énergie atomique (CEA-DSV), ainsi qu’à un organisme privé à statut de fondation qui bénéficie d’importants concours publics, l’Institut Pasteur. Elle n’a cependant pas contrôlé l’Institut national de la recherche agronomique (INRA) à cette occasion ; elle a ainsi retenu un périmètre restreint du vivant n’incluant pas la biologie végétale.
Le vivant : un secteur qui regroupe des disciplines multiples Le rapport sur « les politiques de recherche et de formations supérieures » annexé au projet de loi de finances identifie trois domaines qui, ensemble, constituent le secteur des sciences du vivant : -sciences agronomiques et alimentaires, -biologie,
-et sciences médicales. De son côté, le CNRS considère que relèvent du secteur disciplinaire « vivant » les disciplines et groupes de disciplines suivants, regroupés dans les sections 20 à 29 de son comité national : -biomolécules : structures et mécanismes d’action, -biomolécules : relations structure-fonction, -thérapeutique et médicaments : concepts et moyens, -génomes-structure, fonctions et régulations, -biologie cellulaire-virus et parasites, -interactions cellulaires, -fonctions du vivant et régulation, -biologie végétale, -biologie du développement et de la reproduction, -fonctions mentales-neurosciences intégratives-comportements.
                                                 
1) Le département des sciences de la vie du CNRS a pris, en décembre 2005, l’appellation de département du vivant, puis celle de direction des sciences du vivant. Le CNRS estime qu'environ 15 % à 20 % de la recherche en sciences du vivant, dans son acception la plus stricte, se fait dans d'autres départements de l'organisme, et notamment en sciences chimiques.
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COUR DES COMPTES
Ayant rendu publiques en 2005 ses analyses et recommandations sur la gestion de la recherche universitaire, elle n’a pas étendu ses investigations aux centres hospitalo-universitaires, qui jouent un rôle pivot d’accueil et d’intégration de la recherche publique, dont l’essentiel s’effectue dans des unités mixtes associant organismes de recherche et universités, ni au Programme hospitalier de recherche clinique financé par le ministère de la santé. Elle n’a cherché ni à faire un tableau exhaustif de la recherche extrêmement diverse menée en sciences du vivant, ni à en évaluer les performances scientifiques, ce qui ne relève pas de son champ de compétences.
La problématique centrale retenue par la Cour a été d’apprécier comment les différents leviers de l’action publique ont été utilisés en faveur d’une grande priorité de la recherche scientifique.
Dans le cadre de cette approche, elle a retenu les cinq sujets qui, à la lumière de ses enquêtes précédentes, lui paraissaient déterminants :
a) La stratégie et le pilotage de la recherche
La Cour a cherché à apprécier comment la première priorité déclarée de notre politique de recherche, retenue en faveur du secteur du vivant en 1999, avait été définie, mise en œuvre et suivie, et de prolonger ainsi ses observations de 2003 sur le rôle du ministère de la recherche.
b) Les structures
La recherche dans le secteur du vivant met en jeu un nombre élevé d’intervenants publics, d’opérateurs et de structures de recherche. La Cour s’était déjà inquiétée de cette multiplication qui appelle, de la part de l’Etat, un effort particulier et délicat de coordination et de délimitation du périmètre d’intervention des différents acteurs.
c) Le financement
L’Etat joue un rôle prépondérant dans le financement de la recherche publique en sciences du vivant que la Cour s’est attachée à mesurer à nouveau sous l’angle privilégié de la qualité de la gestion publique dans ce domaine, qui a connu des évolutions notables au cours de ces dernières années.
LA GESTION DE LA RECHERCHE PUBLIQUE EN SCIENCES DU VIVANT 
d) Les jeunes chercheurs 
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Si les problèmes de la gestion des ressources humaines et du renouvellement d'une population de chercheurs relativement âgée se posent dans tous les domaines de la recherche, ils se manifestent avec une acuité particulière dans celui des sciences du vivant. En effet, la relative rareté des débouchés industriels dans ce secteur en France, et l’âge d’accès en moyenne assez élevé à des emplois permanents dans la recherche publique, font peser des contraintes particulières sur les jeunes chercheurs de ce secteur. Cela explique qu’ils aient joué un rôle important dans la mobilisation sociale des milieux de la recherche en 2003-2004.
e) La valorisation des résultats de la recherche publique
La révolution biotechnologique et la compétition globale que se livrent les industries du secteur du vivant imposent de repenser en profondeur les relations entre la recherche, l’innovation et la performance industrielle. Des mesures novatrices ont été prises à cet effet depuis la fin des années 1990, tant par l’Etat que dans les organismes de recherche, et la Cour a jugé opportun d’en faire aujourd’hui le bilan.
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